药用资源研究所依托国家中医药管理局中药化学三级实验室、道地药材品质评价和开发浙江省工程研究中心和浙江省中医药重点学科（药用植物学）等多个高水平科技创新平台，围绕药用资源保护利用与中药产业高质量发展，开展药用植物资源系统研究与技术创新。研究所建有浙江省中医药研究院药用资源标本馆（ZJMR）,馆藏药用资源标本2万余份，为药用资源的调查研究、科学保护和高效利用提供了坚实的基础支撑。 作为浙江省中医药资源研究与技术服务的核心骨干力量，研究所在中药资源和大型真菌调查研究、道地药材品质评价、中药产业技术服务、中药全产业链追溯等领域，形成了较为系统的理论体系和独特的技术优势，持续为全省中药产业高质量发展赋能。

基础实验/天然药物研究所主要从事中医药的基础及应用研究，包括天然药物活性成分研究、中药药理研究及新药、保健品开发。

中药质量标准研究所，浙江省中医药重点实验室（中药质量标准化研究重点实验室）、浙江省中医药重点学科（中药与天然药物分析学）。研究方向为中药质量标志物开发、中药产品质量标准制定、经典方/经验方质量标准制定和应用，设有中药质量检测技术平台、质量标志物体内外追溯平台、中药标准开发和应用平台。

中医文献信息研究所是全国最早成立的中医文献专门研究机构之一，其建设历程始于1958年成立的文献组，1978年改建文献研究室，1993年经浙江省卫生厅批复同意成立中医文献信息研究所。2021年10月增挂“中医药文献研究院”。现为国家中医药管理局“中医文献学”重点学科、盛增秀全国名老中医药专家传承工作室，浙江省中医药管理局“中医文献学”“中医文化学”“中医文献信息学”重点学科，以及国家中医药管理局中国中医药文献检索中心浙江分中心、浙江省中医药文献信息检索中心所在单位。

肿瘤研究所依托于浙江省中医药研究院（浙江省立同德医院），前身是浙江省中医药研究院临床研究所。1995年浙江省卫生厅批准成立浙江省中医肿瘤治疗中心，1998年被卫生部确认为中医肿瘤国家临床药理基地，2001年入选浙江省医学卫生重点学科，2011年浙江省科技厅立项建立浙江省中西医结合肿瘤防治技术研究重点实验室，2012年入选国家中医药管理局“十二五”重点专科建设单位，2013年入选国家临床重点肿瘤专科（中西医结合）建设单位，2024年入选国家中医优势专科（肿瘤），2024年认定为全省病证结合肿瘤防治重点实验室。 研究所建有分子—细胞—动物多层级实验研究平台，设备齐全先进，拥有全光谱流式细胞仪、活细胞工作站、高内涵成像系统、激光共聚焦显微镜、蛋白纯化仪、靶向分子分析系统、基因测序仪、微滴式数字PCR检测系统、全自动组织脱水机、组织包埋机、石蜡切片机等高端科研设备，为肿瘤防治研究提供坚实硬件支撑与技术保障。 研究所以提升肿瘤防治临床疗效为目标，开展多组学（基因、蛋白质、代谢等）技术与中医药研究有机融合的肿瘤临床与基础研究，形成“临床-基础-转化”一体化研究模式。

老年病研究所立足于人口老龄化国家战略需求，聚焦老年重大疾病防治与中医药转化研究。

浙江省中医药研究院实验动物中心始建于1982年，2000年经过改造，创建了SPF级屏障系统实验室。2024年4月获得了最近一次实验动物使用许可证：SYXK(浙)2024-0010。目前拥有屏障环境实验动物设施（大鼠、小鼠、豚鼠）和普通环境动物实验设施（犬、兔、豚鼠、小型猪）。中心配备了大鼠尾动脉血压仪、高速离心机、超低温冰箱、真空脉动灭菌器、荧光显微镜、迈瑞多普勒超声成像系统、全自动脑立体定位仪、激光散斑血流成像系统、动物活体成像系统等动物实验专用的仪器设备。此外，实验动物中心将于2026年上半年实现全面搬迁至杭州青山湖科技城新院区，使用面积超8000m2。青山湖院区实验动物中心采购了一系列先进设备，如柜式洗笼机、隧道式洗笼机、真空管道垫料全自动收集系统、大小鼠代谢系统、动物自动饮水系统、IVC独立通风笼盒系统、大小鼠开放式饲养笼、各种大动物饲养笼具等。此外，还采购了荧光定量PCR、多功能酶标仪、倒置荧光显微镜、超高速冷冻离心机、小动物麻醉呼吸机、大动物麻醉呼吸机等仪器设备，为平台提供了更先进的硬件支持，从而提供更高端、功能更全面的动物实验服务。整个环境系统按照相应的规章制度及标准化操作规程进行管理。中心现有工作人员6名，包括高级职称3名，中级职称2名，高级技工1名。

浙江省中医药研究院分析测试中心是集科研服务、技术开发、人才培养于一体的“开放式、自助型”科研分析测试公共服务平台，致力于为中医药现代化研究提供全方位、一站式的检测分析方案及技术支持。

浙江省中医药研究院生物样本资源中心是生物样本库也叫生物银行、样本资源库，是指标准化收集、处理、储存和应用健康和疾病生物体的生物大分子、细胞、组织和器官等样本，对生命科学研究、临床医学研究提供基础样本资源，对于开发级别治疗、方案等均具有重要意义。

制剂中心总建筑面积7200平方米，设有通风、除尘、温湿度控制等净化系统及制水系统，建有多功能中药提取及浓缩设备、100ml口服液体制剂灌装线、100ml外用液体制剂灌装线、500ml液体制剂灌装线、流化床一步制粒机、水浴式灭菌柜、热风循环烘箱等制药设备，配有高效液相色谱仪、气相色谱仪、红外光谱仪、紫外分光光度计等先进的药品检验仪器。配制范围包括颗粒剂、硬胶囊剂、糖浆剂、合剂、搽剂、 煎膏剂、溶液剂（外用）、滴鼻剂、滴耳剂、薰剂、洗剂等。制剂中心始终以百姓需求为中心，以民众健康为己任，高度重视制剂质量发展，制剂中心在厂房设计时建立健全了各项生产规章制度和标准操作规程，包括物料验收储存、制剂投料生产、车间的清场和清洁、设备运行和维护、成品的储存和发放、标签的管理等各个环节。药检部门建立了完整的辅料、包装材料、半成品及成品的检验标准操作体系。

我院期刊中心前身为“浙江中医杂志社”，主要编辑出版两种国内外公开发行的中医药科技期刊，即《浙江中医杂志》和《养生月刊》。

浙江省中医药文献信息检索中心经浙江省卫生厅批准成立于1994年，1995年12月成为国家中医药管理局全国中医药行业科技查新单位暨中国中医药文献检索中心浙江分中心，为全国首批八个分中心之一。本中心隶属于浙江省中医药研究院，是浙江省科技查新协会、浙江省科学技术情报学会理事单位。现有专职查新员（含审核员）7人，专职工作人员1人，其中研究生以上学历占比87.5%，从业5年以上占比100%，是一支实践经验丰富的专业查新团队。 中心面向科研院所、医院、企业、个人，提供中医药科研立项、成果鉴定、成果报奖等查新以及SCI文献收录、引用证明服务。同时也提供古今文献定题服务，可涉及中医经典名方文献整理研究、单味中药的本草考证、疾病的古今文献服务、评价体系构建等内容。